Pimpsten (pouzzolane), som härstammar från vulkaniska bergarter, är ett annat mycket uppskattat substrat. Lätt, poröst och prisvärt erbjuder det en utmärkt utbytesyta för bakterier. Dess stora nackdel är att det har en tendens att täppa till sig mycket lätt och rengöringen är inte alls enkel.
Slutligen är kokosfibrer ett mer ekologiskt och organiskt alternativ. Lätt att hantera håller det bra fukt och underlättar frögroning. Det bryts dock ned snabbt och måste bytas regelbundet, vilket gör det till ett intressant komplement men sällan ett primärt substrat. Dessa material bör väljas utifrån budget, utrymme och planerade odlingar.
Sphagnum-mossa används ibland i akvaponi för sin utmärkta vattenhållande förmåga, vilket gör den till ett intressant substrat för fröer. Men den täpper lätt till sig och försvårar vattencirkulationen. Eftersom rengöringen är komplicerad förblir den opraktisk på lång sikt. Dessutom väcker importen från avlägsna regioner ekologiska frågor, vilket begränsar dess intresse som primärt substrat.