Övervakning av vattenkvaliteten är avgörande i akvaponi. För koikarpen är säkerhetsgränserna :
- Ammoniak (NH₃) : 0 mg/L. Varje topp är ett larm p.g.a. överutfodring eller instabilt bakteriecykel.
- Nitrit (NO₂⁻) : 0 mg/L. Giftigt även i små doser ; närvaron indikerar ett underställt biofilter.
- Nitrat (NO₃⁻) : Bör hållas lågt. En hög nivå avgör en obalans med växternas absorptionskapacitet.
- pH : 6,5 till 7,5. Koikarpen fruktar plötsliga variationer. Akta regn som försyrar vattnet i dammar.
- Upplöst syre : min. 6 mg/L. En pump och luftning (diffusor) i kontinuerlig drift är nödvändiga.
- Temperatur : 15 till 25 °C. Utanför detta intervall störs ämnesömssättningen och den bakteriella nitrifieringen.