Akvaponin gör det möjligt att odla ett brett urval av frukter, grönsaker, örter och aromatiska växter, men man bör inte tro att den är allmänt lämpad för alla växtarter. Vissa växter visar sig vara särskilt dåligt anpassade till denna typ av miljö på grund av sitt behov av specifikt substrat, sin känslighet för fuktighet, eller sin tillväxt som inte lämpar sig för akvaponisystem.
Rotgrönsaker och lökgrönsaker
I täten finner vi rotgrönsakerna och lökgrönsakerna som moroten, potatisen, löken, rövan, rädish och rödbetan. I en konstant bevättnad odlingssäng riskerar rötter och knollar att deformeras, ruttna eller förbli klena. Den konstanta fuktigheten är nämligen inte gynnsam för deras utveckling, då den förhindrar jordens naturliga luftning.
Fruktträden
Andra växter med långsam tillväxt eller inväxande rotsystem bör också undvikas. Fruktträd, buskar eller storväxande växter är inte genomförbara i ett hemmaakvaponisystem, då deras förankring kräver djup och stabil jord, ofta inkompatibel med de lätta substrat som används, som expanderade lerakulor. Deras långa livslängd och storlek gör dem svårhanterliga i en behållare eller akvaponitårn.
Växter med specifika jordbehov
Vissa arter behöver förhållanden som akvaponin inte kan erbjuda. Så är fallet med växter som föredrar torr eller sur jord, som vissa ljungväxter (t.ex. : blåbär, rhododendron, azalea), eller kaktusar, som inte trivs i en kontinuerligt fuktig miljö.