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Le fer est la carence la plus fréquente en aquaponie : les jeunes feuilles jaunissent alors que leurs nervures restent vertes. Le fer chélaté apporte un fer protégé qui reste assimilable par les racines. La forme se choisit sur le pH de l'eau : l'EDTA reste stable jusqu'à un pH d'environ 6,5, le DTPA jusqu'à environ 7,5, et l'EDDHA jusqu'à 9, ce qui en fait la forme des eaux calcaires.
Le DTPA est le choix le plus courant en aquaponie, où le pH se situe en général entre 6,8 et 7,2. Toutes ces formes se dosent en petites quantités, et le résultat se voit sur les nouvelles feuilles. Les articles Carence en fer en aquaponie et Carences des plantes en aquaponie détaillent le diagnostic.