Akwaponika pozwala uprawiać szeroką gamę owoców, warzyw, ziół i roślin aromatycznych, ale nie należy sądzić, że jest powszechnie odpowiednia dla wszystkich gatunków roślin. Niektóre rośliny okazują się szczególnie źle dostosowane do tego środowiska ze względu na zapotrzebowanie na określone podłoże, wrażliwość na wilgoć lub wzrost nieodpowiedni do systemów akwaponicznych.
Warzywa korzeniowe i cebulowe
Na czele listy znajdują się warzywa korzeniowe i cebulowe, takie jak marchew, ziemniaki, cebula, rzepa, rzodkiewka lub burak. W stale nawadnianym łożu uprawnym korzenie i bulwy ryzykują odkształcenie, gnić lub słaby rozwój. Stała wilgotność nie sprzyja ich rozwojowi, gdyż uniemożliwia naturalne napowietrzanie gleby.
Drzewa owocowe
Inne rośliny o powolnym wzroście lub inwazyjnym systemie korzeniowym są również do uniknięcia. Drzewa owocowe, krzewy lub duże rośliny nie są możliwe w domowym systemie akwaponicznym, gdyż ich zakorzenienie wymaga głębokiej i stabilnej gleby, często niekompatybilnej z lekkimi podłożami, takim jak kruszywo gliniane. Ich długowieczność i wielkość uniemożliwiają zarządzanie nimi w skrzynce lub akwaponicznej wieży.
Rośliny o specyficznych potrzebach glebowych
Niektóre gatunki potrzebują warunków, których akwaponika nie może im zapewnić. Dotyczy to roślin preferujących suche lub kwaśne gleby, takich jak niektóre rośliny wrzosowiskowe (np. borówki, rododendrony, azalie) lub kaktusy, które nie będą się dobrze rozwijać w stale wilgotnym środowisku.