Monitoring jakości wody jest kluczowy w akwaponice. Dla karpia koi, progi bezpieczeństwa to :
- Amoniak (NH₃) : 0 mg/L. Każdy skok to alarm związany z nadkarmianiem lub niestabilnym cyklem bakteryjnym.
- Azotyny (NO₂⁻) : 0 mg/L. Toksyczne nawet w niskich dawkach, ich obecność wskazuje na niedomiarowy biofiltr.
- Azotany (NO₃⁻) : Powinny być niskie. Wysoki poziom ujawnia brak równowagi z zdolnością wchłaniania roślin.
- pH : 6,5 do 7,5. Koi obawia się gwałtownych wahań. Uwaga na deszcz, który zakwasza wodę w stawach.
- Rozpuszczony tlen : min. 6 mg/L. Pompa i napowietrzanie (dyfuzor) w sposób ciągły są niezbędne.
- Temperatura : 15 do 25°C. Poza tym zakresem, metabolizm i nitryfikacja bakteryjna są zaburzone.