La pomice, originata da rocce vulcaniche, è un altro substrato molto apprezzato. Leggera, porosa ed economica, offre un'eccellente superficie di scambio per i batteri. Il suo grande difetto è che tende a intasarsi molto facilmente e la sua pulizia non è per niente agevole.
Infine, la fibra di cocco rappresenta un'alternativa più ecologica e organica. Facile da maneggiare, trattiene bene l'acqua e favorisce l'avvio delle semine. Tuttavia, si degrada rapidamente e deve essere sostituita regolarmente, il che ne fa un complemento interessante ma raramente un substrato principale. Questi materiali devono essere scelti in funzione del budget, dello spazio e delle colture previste.
Lo sfagno è talvolta utilizzato in acquaponica per la sua eccellente capacità di trattenere l'acqua, il che ne fa un supporto interessante per le semine. Ma si intasa facilmente, rendendo difficile la circolazione dell'acqua. La sua pulizia essendo complicata, rimane poco pratico a lungo termine. Inoltre, la sua importazione da regioni lontane solleva questioni ecologiche, il che ne limita l'interesse come substrato principale.