Il monitoraggio della qualità dell'acqua è fondamentale in acquaponica. Per la carpa koi, le soglie di sicurezza sono :
- Ammoniaca (NH₃) : 0 mg/L. Qualsiasi picco è un allarme dovuto a una sovraalimentazione o un ciclo batterico instabile.
- Nitriti (NO₂⁻) : 0 mg/L. Tossici anche a basse dosi, la loro presenza indica un biofiltro sottodimensionato.
- Nitrati (NO₃⁻) : Devono rimanere bassi. Un tasso elevato rivela uno squilibrio con la capacità di assorbimento delle piante.
- pH : 6,5-7,5. La koi teme le variazioni brusche. Attenzione alla pioggia che acidifica l'acqua dei bacini.
- Ossigeno disciolto : min. 6 mg/L. Una pompa e un'aerazione (diffusore) in continuo sono indispensabili.
- Temperatura : 15-25°C. Fuori da questa fascia, il metabolismo e la nitrificazione batterica vengono perturbati.