Sì, sistematicamente, ed è probabilmente la precauzione più redditizia di tutto l'allevamento di koi. Le principali minacce sanitarie della specie si trasmettono attraverso l'introduzione di un pesce apparentemente sano, a cominciare dall'herpesvirus del koi e dalla viremia primaverile della carpa, due malattie virali che la scheda specie del Southern Regional Aquaculture Center identifica come le più preoccupanti. A queste si aggiungono parassiti molto comuni come l'ancora di carpa, il pidocchio del pesce e i vermi monogenei.
In pratica, predisporre una vasca separata, filtrata e aerata, in cui il nuovo arrivato trascorra circa quattro settimane prima di unirsi alla vasca principale. Mantenerlo nell'intervallo di temperatura favorevole alla comparsa dei sintomi piuttosto che in acqua fredda, dove un'infezione può restare silente. Osservare ogni giorno il nuoto, la respirazione, lo stato delle pinne e l'appetito, e non usare mai lo stesso guadino né lo stesso secchio per le due vasche.
Un ultimo punto spesso dimenticato in acquaponica: la vasca di quarantena non deve essere raccordata al circuito che alimenta le coltivazioni. Un trattamento antiparassitario, anche leggero, può distruggere la flora del biofiltro e danneggiare le radici delle piante.