Una popolazione di pesci troppo ridotta causa una produzione di nutrienti insufficiente, il che limita direttamente la fertilità del sistema. Un'alimentazione inadatta dei pesci è un'altra causa frequente : se il loro cibo manca di diversità o qualità, i rifiuti prodotti non conterranno abbastanza certi elementi indispensabili alle piante.
Il pH dell'acqua svolge anche un ruolo determinante. Quando è troppo elevato o troppo basso, certi nutrienti, sebbene presenti, diventano inassimilabili per le radici. È ciò che si chiama un blocco nutritivo : le piante non mancano realmente di nutrienti, ma non riescono ad assorbirli.
Infine, dei problemi tecnici, come una cattiva circolazione dell'acqua, un'ossigenazione insufficiente o una filtrazione troppo debole, possono accentuare questi squilibri e frenare la crescita delle colture.