La puzolana, procedente de rocas volcánicas, es otro sustrato muy apreciado. Ligera, porosa y económica, ofrece una excelente superficie de intercambio para las bacterias. Su gran defecto es que tiende a colmatarse muy fácilmente y su limpieza no resulta nada sencilla.
Por último, la fibra de coco representa una alternativa más ecológica y orgánica. Fácil de manipular, retiene bien el agua y favorece el arranque de la siembra. No obstante, se degrada rápidamente y debe reemplazarse con regularidad, lo que la convierte en un complemento interesante pero rara vez en un sustrato principal. Estos materiales deben elegirse en función del presupuesto, el espacio y los cultivos previstos.
El musgo esfagno se utiliza a veces en acuaponía por su excelente capacidad para retener el agua, lo que lo convierte en un soporte interesante para la siembra. Pero se colmata fácilmente, dificultando la circulación del agua. Como su limpieza resulta complicada, es poco práctico a largo plazo. Además, su importación desde regiones lejanas plantea cuestiones ecológicas, lo que limita su interés como sustrato principal.