La acuaponía permite cultivar una amplia gama de frutas, verduras, hierbas y plantas aromáticas, pero no hay que creer que es universalmente adecuada para todas las especies vegetales. Algunas plantas resultan especialmente mal adaptadas a este tipo de entorno debido a su necesidad de un sustrato específico, a su sensibilidad a la humedad, o incluso a un crecimiento inadecuado para los sistemas acuapónicos.
Las hortalizas de raíz y de bulbo
A la cabeza de la lista encontramos las hortalizas de raíz y de bulbo como las zanahorias, patatas, cebollas, nabos, rábanos, o incluso remolachas. En un lecho de cultivo constantemente irrigado, las raíces y tubérculos corren el riesgo de deformarse, pudrirse o quedarse raquíticos. En efecto, la humedad constante no es favorable a su desarrollo, ya que impide la aireación natural del suelo.
Los árboles frutales
Otras plantas de crecimiento lento, o con un sistema radicular invasivo, también deben evitarse. Los árboles frutales, arbustos o plantas de gran tamaño no son viables en un sistema doméstico de acuaponía, ya que su anclaje exige un suelo profundo y estable, a menudo incompatible con los sustratos ligeros utilizados como las bolas de arcilla expandida. Su longevidad y su tamaño los hacen difícilmente manejables en tanque o torre acuapónica.
Las plantas con necesidades específicas de suelo
Algunas especies necesitan condiciones que la acuaponía no puede ofrecerles. Es el caso de las plantas que prefieren suelos secos o ácidos, como ciertas plantas de tierra de brezo (p. ej. : arándanos, rododendros, azaleas), o incluso los cactus, que no prosperarán en un entorno continuamente húmedo.