Jern er den mest almindelige mangel i akvaponi: de unge blade bliver gule, mens bladnerverne forbliver grønne. Jernchelat tilfører beskyttet jern, som rødderne fortsat kan optage. Formen vælges efter vandets pH: EDTA er stabil op til en pH på cirka 6,5, DTPA op til cirka 7,5 og EDDHA op til 9, hvilket gør den til formen til kalkholdigt vand.
DTPA er det mest almindelige valg i akvaponi, hvor pH som regel ligger mellem 6,8 og 7,2. Alle formerne doseres i små mængder, og resultatet ses på de nye blade. Artiklerne Jernmangel i akvaponi og Næringsmangel hos planter i akvaponi gennemgår diagnosen.