Přesazování samo o sobě biofiltr nezatěžuje – zatěžuje ho krmení ryb. Vlna přesazování zvyšuje poptávku po živinách, a tím i pokušení krmit více; právě tento nárůst je třeba rozložit do etap. Základní pravidlo je zvyšovat dávku po malých krocích a mezi dvěma kroky nechat uplynout celý týden pozorování, spíše než se řídit kalendářem výsevu.
Kontrola probíhá na třech ukazatelích, ne jen na jednom. Amoniak a dusitany musí zůstat pod mezí detekovatelnosti – stopa dusitanů znamená, že bakteriální populace ještě nezvládá novou zátěž. Obsah rozpuštěného kyslíku musí zůstat nad 5 mg/l, což je prahová hodnota uváděná v návodech pro maloplošnou akvaponiku. Hodnota pH se musí pohybovat v rozmezí, kde nitrifikační bakterie a rostliny nejlépe koexistují – přibližně 6,8 až 7,2, přičemž rozsah 6,5 až 7,5 je ještě přijatelný.
Pokud se dusitany objeví, řešením nikdy není přidávat rostliny ani čistit biofiltr. Snižte dávku krmení, někdy až na nulu na jeden nebo dva dny, zvyšte provzdušnění a počkejte, dokud měření nevrátí nulu, teprve pak pokračujte v navyšování.