Pemza, pocházející ze sopečných hornin, je dalším velmi oblíbeným substrátem. Lehká, pórovitá a levná, nabízí vynikající výměnný povrch pro bakterie. Její velkou nevýhodou je, že má tendenci se velmi snadno ucpávat a její čištění není vůbec snadné.
Konečně kokosové vlákno představuje ekologičtější a organickou alternativu. Snadno se s ním manipuluje, dobře zadržuje vodu a podporuje růst sazenic. Nicméně se rychle rozkládá a musí se pravidelně vyměňovat, což z něj činí zajímavý doplněk, ale jen zřídka hlavní substrát. Tyto materiály je třeba volit podle rozpočtu, prostoru a zamýšlených plodin.
Rašelník se v akvaponii někdy používá pro svou vynikající schopnost zadržovat vodu, což z něj činí zajímavou oporu pro sazenice. Ale snadno se ucpává, což ztěžuje cirkulaci vody. Protože jeho čištění je složité, zůstává z dlouhodobého hlediska málo praktický. Navíc jeho dovážení ze vzdálených oblastí vyvolává ekologické otázky, což omezuje jeho výhodnost jako hlavního substrátu.