Počkejte, až testy ukážou 0 mg/L amoniaku a dusitanů, což je znamení, že biologický filtr dělá svou práci, a několik desítek mg/L dusičnanů (neškodná živina, kterou spotřebovávají rostliny). Poté můžete do nádrže postupně vpouštět ryby (nejlépe v mírném období na jaře nebo na podzim, mimo vedra a mrazy).
Vpouštějte několik ryb najednou s odstupem několika dní, abyste systém nepřetížili naráz. Stejně tak postupně osazujte pěstební vanu mladými nenáročnými rostlinami (salát, bazalka, máta atd.), aby začaly přijímat dusičnany.
Během prvních týdnů kontrolujte své zařízení každý den: ověřte, že čerpadlo běží nepřetržitě, že voda zůstává čistá, a měřte pH a toxické látky každé dva až tři dny. Cílové pH se pohybuje mezi 6,4 a 7,5, aby vyhovovalo rybám i rostlinám, s KH (uhličitanová tvrdost) 6 až 12 °dH pro jeho stabilizaci. Jakmile je dusíkatý cyklus ustaven, je váš akvaponický systém oficiálně „vycyklovaný“!