Počkejte, až testy ukáží 0 mg/L amoniaku a dusitanů, což je známka, že biologický filtr dělá svou práci, a několik desítek mg/L dusičnanů (netoxická živina, spotřebovávaná rostlinami). Poté můžete postupně začlenit své ryby do jezírka (raději v mírném období jara či podzimu, mimo vedro či mráz).
Zavádějte několik ryb najednou, s odstupem několika dní, abyste systém najednou nepřesytili. Stejně tak osazujte svou pěstební nádrž postupně mladými snadnými sazenicemi (saláty, bazalka, máta atd.), aby začaly vstřebávat dusičnany.
Během těchto prvních týdnů sledujte své zařízení každý den : ověřujte, že čerpadlo funguje nepřetržitě, že voda zůstává čirá, měřte pH a toxiny každé 2–3 dny. Ideální pH se pohybuje mezi ~6,5 a 7,5, aby vyhovovalo rybám i rostlinám. Jakmile je dusíkový cyklus zaveden, je váš akvaponický systém oficiálně „zacyklený“ !