Quels poissons choisir en aquaponie ?

Rédigé par Tristan Ulrich · 22 mai 2025
Truites, perches, esturgeon et poissons rouges dans la cuve vitrée d'un système d'aquaponie sous serre

L’aquaponie, qui combine l’élevage de poissons et la culture de plantes, suscite de plus en plus d’intérêt. Si vous souhaitez vous lancer dans l'aventure, le choix des espèces sera une étape cruciale dans votre projet. 

Critères de choix des poissons en aquaponie

Le choix des poissons est un élément déterminant dans la réussite d’un système aquaponique. Que vous optiez pour des espèces ornementales ou que votre installation vise une production alimentaire, les poissons sélectionnés auront un impact direct sur la qualité de l’eau, la croissance des plantes et l’équilibre global de l’écosystème.

Trois questions suffisent le plus souvent à orienter la décision. Quelle température votre eau atteindra-t-elle réellement en été comme en hiver, souhaitez-vous consommer vos poissons ou simplement les observer, et quel volume d’eau pouvez-vous mettre en circulation. Les réponses à ces trois questions éliminent déjà la majorité des espèces possibles, ce qui simplifie beaucoup la suite.

Dans cet article, nous vous aidons à identifier les espèces les plus adaptées à votre projet, en fonction de vos objectifs, de vos préférences, et des spécificités techniques de votre système aquaponique.

Poissons d'ornement en aquaponie

Poissons d'ornement en aquaponie

Le poisson rouge est sans doute l'espèce la plus utilisée en aquaponie. Il peut vivre dans un petit bac et supporter des variations de température importantes. Rustiques et très tolérants, ils s’adaptent bien à des eaux tempérées ou froides.

Les carpes koï, plus grandes, sont idéales dans un bassin extérieur et ajoutent une touche esthétique avec leurs couleurs vives. Ces poissons ne sont pas destinés à la consommation, mais ils contribuent efficacement au cycle de l’azote en produisant des déchets nutritifs pour les plantes. Veillez simplement à ne pas surpeupler le bassin pour maintenir une eau propre, l’usage d’une bonne filtration et de changements d’eau réguliers aidant à garder l’équilibre.

Un dernier avantage des poissons d’ornement mérite d’être souligné : ils se trouvent partout, coûtent peu cher et se remplacent facilement. Pour un premier système, c’est un confort réel, car les débuts s’accompagnent presque toujours de tâtonnements sur la filtration et sur le cycle de l’azote. Autant faire ses premières armes avec des poissons tolérants avant d’investir dans des espèces plus délicates.

Petits poissons pour les petits systèmes aquaponiques

Petits poissons pour les petits systèmes aquaponiques

Pour les très petits systèmes ou aquariums dédiés à l'aquaponie, on peut se tourner vers de petits poissons tropicaux. Les guppys, par exemple, sont des poissons vivipares très résistants et faciles à élever. Ils se reproduisent rapidement, ce qui peut être intéressant à observer. Ces espèces peuvent s'adapter à des eaux plus fraîches et rester en extérieur d'avril à octobre dans la plupart des régions. Il faudra néanmoins prévoir une solution de repli pour l'hiver.

Bien que leur impact nutritif soit moins important vis-à-vis des plantes, ils constituent un choix ludique et éducatif pour débuter. D’autres poissons d’aquarium comme les combattants, les gouramis, les ancistrus et certains cichlidés peuvent également convenir dans ce contexte.

Une précaution s’impose toutefois sur ces formats : un petit volume se dérègle beaucoup plus vite qu’un grand. Quelques litres suffisent à faire grimper l’ammoniaque en une journée si le nourrissage est trop généreux, et la température y varie également plus brutalement. Mieux vaut donc sous-peupler franchement au départ et tester l’eau souvent, quitte à augmenter la population une fois le cycle bien installé.

Les espèces fréquentes en climat tempéré

Les espèces fréquentes en climat tempéré

La truite arc-en-ciel est prisée pour sa chair fine et sa croissance rapide. Elle nécessite une eau fraîche, de l’ordre de 10 à 18 °C, et bien oxygénée, ce qui la rend idéale pour les installations maîtrisant finement la température et l’aération, mais complexe à maintenir en été.

L’omble de fontaine, que l’on appelle aussi saumon de fontaine, n’est en réalité ni une truite ni un saumon malgré ses deux noms : c’est un omble, un proche parent au sein de la famille des salmonidés. Il se montre un peu plus rustique et plus tolérant sur la qualité d’eau que la truite arc-en-ciel. Il donne généralement le meilleur entre 13 et 16 °C et commence à souffrir au-delà de 20 °C. Sa croissance est un peu plus lente, mais il pardonne davantage les erreurs de conduite, ce qui en fait un bon candidat pour un premier élevage en eau froide.

L’ombre commun est le plus exigeant du lot. Ce poisson de rivière vive réclame une eau froide, très oxygénée et en mouvement. Il reste réservé aux installations très bien équipées et relève plutôt du repeuplement que de l’aquaponie domestique, mais il fait partie du paysage de nos rivières et mérite d’être connu.

Enfin, la carpe commune, comme la carpe koï, se distingue par sa robustesse. Omnivore, elle s’adapte facilement aux systèmes aquaponiques et supporte aussi bien les eaux tièdes que les eaux froides. Elle est parfaite pour les systèmes simples, notamment en extérieur ou dans une logique d’autonomie alimentaire.

Le bon choix dépendra de votre climat local, de vos objectifs et des contraintes techniques de votre système aquaponique. Un repère utile consiste à mesurer la température de votre eau au plus chaud du mois d’août avant de commander quoi que ce soit : c’est cette valeur, et non la moyenne annuelle, qui décide de ce que vous pourrez élever.

Perche commune Perca fluviatilis nageant en eau claire, élevage en aquaponie

La perche commune et le sandre

La perche commune (Perca fluviatilis) et le sandre (Sander lucioperca) appartiennent à la même famille, celle des percidés. Ils se conduisent donc à peu près de la même manière, et ce sont probablement les poissons de rivière les plus prometteurs pour l’aquaponie européenne : une chair recherchée, des espèces présentes naturellement dans nos eaux, et un élevage en circuit fermé aujourd’hui bien documenté par la recherche.

Côté conduite, la perche demande une eau plus tempérée que la truite : la croissance est généralement optimale entre 22 et 24 °C, ce qui la rend bien plus facile à passer l’été qu’un salmonidé. Elle apprécie en revanche une eau correctement oxygénée, autour de 6 mg/L d’oxygène dissous, soit environ 70 % de saturation. Le sandre suit la même logique thermique, avec un tempérament plus farouche et un goût marqué pour les zones d’ombre dans le bassin.

Ce sont des carnassiers, ce qui implique une alimentation adaptée, à base de granulés riches en protéines. Les sujets issus d’élevage, déjà sevrés sur granulés, sont nettement plus simples à conduire que des poissons prélevés en milieu naturel, qui refusent souvent l’aliment inerte.

Un point à connaître avant de se lancer : chez les percidés, les sujets qui grandissent le plus vite peuvent s’en prendre aux plus petits. Rien d’insurmontable, mais il est utile de trier les poissons par taille de temps en temps et de séparer les lots devenus trop inégaux, surtout sur les jeunes sujets.

Esturgeon sterlet nageant au fond d'un bassin de jardin

Esturgeon, silure et poissons blancs

L’esturgeon est un poisson de fond : il fouille le substrat et ne monte que rarement chercher sa nourriture en surface. Mieux vaut donc lui réserver des granulés plutôt coulants et adaptés à son espèce, un fond de bassin dégagé et un volume d’eau conséquent. Il passe généralement bien l’hiver, mais supporte mal les eaux qui restent durablement au-delà de 25 °C, une eau chaude retenant moins d’oxygène. En aquaponie, on le réserve plutôt aux grands bassins extérieurs profonds, où il cohabite volontiers avec les carpes koï.

Le silure glane occupe la position inverse. Ses alevins se prégrossissent habituellement entre 25 et 28 °C, puis le grossissement se conduit plutôt entre 20 et 22 °C. Rustique et tolérant sur la qualité d’eau, il accepte des densités élevées et peut tout à fait être élevé à plusieurs dans un même bac, à condition que les sujets soient de taille comparable. C’est en revanche un poisson assez exigeant à conduire : il consomme beaucoup d’aliment, met du temps à atteindre une taille intéressante, et réclame un suivi sérieux de l’oxygène dissous, d’autant qu’il apprécie les eaux tièdes, qui en retiennent moins. Prévoyez également un bac bien couvert.

Enfin, ne négligez pas les poissons blancs. Le gardon et la tanche sont bon marché, très résistants et parfaitement à l’aise dans nos températures locales, ce qui leur permet de passer l’année dehors sans aucun chauffage. Ils permettent de produire des nitrates de manière régulière, et ils cohabitent très bien avec les poissons d’ornement comme les poissons rouges ou les carpes koï, ce qui laisse la possibilité de varier un peu la population du bassin.

La tanche, qui fouille le fond, et le gardon, plus actif en pleine eau, occupent d’ailleurs deux étages différents du bassin et se complètent bien. Pour une première installation extérieure, c’est l’une des combinaisons les plus simples à réussir.

Les espèces fréquentes en climat tropical

Les espèces fréquentes en climat tropical

Le tilapia est l’espèce emblématique de l’aquaponie tropicale. Facile à élever, peu exigeant en oxygène et très résistant aux variations de qualité d’eau, il prospère entre 22 et 30 °C. Sa croissance rapide et sa reproduction aisée en font un choix stratégique pour la production en grande quantité. C’est aussi un omnivore, ce qui simplifie beaucoup l’alimentation, puisqu’il accepte des granulés majoritairement végétaux, moins coûteux que les formules carnivores.

Le poisson-chat africain, ou clarias, tolère des conditions difficiles, y compris des eaux pauvres en oxygène, grâce à un organe respiratoire accessoire qui lui permet de venir prendre l’air en surface. Il est carnivore et croît rapidement, ce qui en fait une espèce intéressante pour les systèmes bien équilibrés. Il demande en revanche un bac solidement couvert, car il s’échappe volontiers.

La perche du Nil, plus massive, est adaptée aux grands bassins. Elle offre une chair très appréciée, mais exige une bonne gestion de l’eau et une alimentation spécifique, ce qui la réserve en pratique aux installations professionnelles.

Un mot de prudence, cependant. Sous nos latitudes, ces espèces imposent de chauffer l’eau une bonne partie de l’année, avec la consommation d’énergie correspondante, et elles relèvent d’un cadre réglementaire particulier puisqu’il s’agit d’espèces exotiques, à maintenir en circuit fermé sans aucun rejet vers le milieu naturel. Elles se justifient donc surtout en intérieur, sur de petits volumes bien isolés, ou dans une serre chauffée. Pour un projet extérieur, les espèces de nos rivières restent nettement plus simples à conduire et bien moins coûteuses à l’usage.

Avoir plusieurs espèces dans un même système ?

Avoir plusieurs espèces dans un même système ?

Toutes les espèces ne cohabitent pas bien ensemble : certaines sont agressives, d’autres trop sensibles ou stressées en présence d’espèces différentes. De plus, leurs besoins en température, oxygène ou nourriture peuvent être incompatibles. Par exemple, il est risqué d’élever des poissons rouges avec des tilapias, ou des truites avec des poissons exotiques.

Si vous souhaitez introduire plusieurs espèces, choisissez des poissons de taille similaire, aux comportements pacifiques, et aux conditions de vie proches, comme les carpes koï et les poissons rouges.

La combinaison la plus sûre reste celle qui associe un poisson de pleine eau et un poisson de fond, par exemple un gardon et une tanche, ou une carpe koï et un esturgeon dans un grand bassin. Chacun occupe alors un étage différent et la compétition pour la nourriture reste limitée.

Cela dit, il est souvent plus simple de rester sur une seule espèce par système pour garantir la stabilité et la facilité d’entretien, surtout la première année.

Nourrir les poissons en aquaponie

Nourrir les poissons en aquaponie

Choisissez une nourriture pour poissons de qualité, adaptée à l’espèce que vous élevez. Par exemple, des granulés riches en protéines pour les carnivores comme la truite, la perche ou le poisson-chat, et des granulés végétaux pour les omnivores comme le tilapia ou la carpe.

En général, on recommande de distribuer de petites quantités de nourriture une à deux fois par jour, que les poissons peuvent consommer en quelques minutes. Retirez les éventuels restes avec une épuisette afin de ne pas polluer l’eau.

Adaptez aussi la ration à la saison. En eau froide, le métabolisme des poissons ralentit fortement, et une ration d’été distribuée en novembre finit au fond du bac, où elle pollue l’eau sans profiter à personne. En dessous de 10 °C, la plupart des espèces tempérées ne s’alimentent presque plus, et c’est parfaitement normal.

Un bon équilibre alimentaire favorise la croissance des poissons et limite la production de déchets, ce qui soulage le système de filtration et maintient l’eau plus propre.

Densité de poissons pour un bon équilibre

Densité de poissons pour un bon équilibre

La densité de poissons est un paramètre fondamental en aquaponie. Trop de poissons, et c’est la surcharge en déchets, la pollution de l’eau, le stress et les maladies. Trop peu, et les plantes manquent de nutriments.

En aquaponie domestique, l’équilibre se trouve souvent autour de 15 à 20 kg de poissons par mètre cube d’eau, mais cela dépend du type de poissons, de la filtration et de la quantité de plantes cultivées.

Commencez toujours avec une densité modérée. Observez comment évoluent les taux de nitrates et l’état des poissons. Si les plantes manquent de nutriments, vous pouvez augmenter progressivement la population. En cas de doute, mieux vaut moins de poissons bien portants que trop d’animaux en souffrance.

Gardez enfin à l’esprit que la densité se raisonne toujours avec la surface de culture. Un bassin bien peuplé mais relié à trop peu de plantes accumule les nitrates, alors qu’un grand lit de culture alimenté par trop peu de poissons donne des végétaux pâles et chlorotiques. C’est le rapport entre les deux, bien plus que le nombre de poissons pris isolément, qui fait la stabilité d’un système.

Conclusion : le bon poisson fait la différence

Le choix des poissons en aquaponie n’est pas anodin : il doit être cohérent avec votre climat, les spécificités de votre installation et vos objectifs de production. Les espèces tropicales comme le tilapia ou le poisson-chat africain excellent en environnement chaud ou chauffé, tandis que les poissons de nos rivières, comme la truite, l’omble de fontaine, la perche, le sandre, l’esturgeon, le silure ou la carpe commune, sont bien mieux placés dans un système tempéré, sans chauffage et sans contrainte réglementaire particulière.

Au-delà du choix des espèces, la réussite de votre système repose sur un équilibre global : qualité de l’eau, gestion des déchets, densité de population, et entretien rigoureux. Un matériel adapté et un suivi régulier des paramètres sont indispensables pour maintenir un écosystème stable et productif.

Si vous débutez, la voie la plus sûre reste de commencer avec des poissons rustiques et locaux, poissons rouges, carpes koï, gardons ou tanches, le temps de maîtriser le cycle de l’azote et le rythme d’entretien. Vous pourrez ensuite passer à des espèces destinées à la consommation, comme la perche, le sandre ou la carpe commune, en connaissance de cause.

Autrement dit, chaque poisson choisi est un pilier de votre écosystème aquaponique. Prenez le temps de faire un choix éclairé, car il influencera non seulement la santé de vos plantes, mais aussi la durabilité et la productivité de l’ensemble de votre installation.

Sources

New Mexico State University, Rossana Sallenave, Important Water Quality Parameters in Aquaponics Systems, CR-680, Plages de température des espèces d’eau chaude et d’eau froide, seuil d’oxygène dissous.

University of Florida IFAS Extension, HS1252, A Practical Guide for Aquaponics as an Alternative Enterprise, Densités de charge, températures du tilapia et rations selon la taille des poissons.

Université de Liège, Culture Methods of Eurasian Perch During Ongrowing, Percid Fish Aquaculture, Température optimale de croissance et besoin en oxygène de la perche commune en élevage.

Aquatic Living Resources, The culture of the European catfish Silurus glanis, Températures de prégrossissement et de grossissement du silure glane.

ITAVI, Aurélien Tocqueville, Réglementation et aquaponie, premier tour d’horizon, 2020, Espèces autorisées en France et statut des espèces exotiques en circuit fermé.

SMIDAP, Étude de faisabilité technico-économique d’un pilote d’aquaponie en Pays de la Loire (OPRA 2), 2018, Conduite réelle de la truite en hiver et du sandre en été sur un pilote français.

Mathilde Eck, Oliver Körner, M. Haïssam Jijakli, Nutrient Cycling in Aquaponics Systems, dans Aquaponics Food Production Systems, 2019, Part de l’azote de l’aliment réellement retenue par les poissons et rendue disponible aux plantes.

Questions fréquentes

La question mélange deux obstacles. Le premier est réglementaire, car le tilapia ne figure pas parmi les espèces représentées dans les eaux françaises, liste qui retient plutôt la carpe, la truite, la perche, le sandre et la tanche. Une espèce exotique n’est envisageable qu’en installation close, sans aucun rejet vers le milieu naturel, et toute commercialisation ouvre un chapitre bien plus exigeant.

Le second est thermique. Le tilapia veut une eau proche de 28 à 30 °C, cesse de s’alimenter autour de 15 °C et ne survit pas à une eau descendue vers 10 °C. Sous notre climat, cela signifie chauffer une bonne partie de l’année, avec la facture correspondante.

Si votre objectif est de produire de la chair sans chauffer, la truite en saison fraîche puis le sandre ou la carpe le reste de l’année répondent bien mieux à la question, avec l’avantage d’appartenir aux espèces courantes en France. Le tilapia garde son intérêt en intérieur chauffé, sur de petits volumes et à titre expérimental.

Raisonnez en masse plutôt qu’en nombre. Les références de terrain situent une densité domestique confortable autour d’une quinzaine de kilos par mètre cube, soit environ trois kilos de poissons pour 200 litres. C’est peu, et c’est volontaire.

Pour un démarrage, visez la moitié de cette valeur, avec quelques sujets seulement. Vous augmenterez la population lorsque vos relevés d’ammoniaque et de nitrites resteront à zéro plusieurs semaines d’affilée.

Tout dépend de l’espèce, ce qui reste la première raison de la choisir en fonction de votre climat.

  • Poissons rouges et carpes koï hivernent dehors dans un bassin assez profond pour ne pas geler en totalité, avec une alimentation très réduite en eau froide.
  • La truite apprécie au contraire l’eau fraîche et bien oxygénée, l’hiver n’est pas son problème, l’été l’est.
  • Les espèces tropicales et les petits poissons d’aquarium doivent rentrer à l’abri avant que l’eau ne se refroidisse durablement.

Gardez en tête qu’en eau froide les bactéries ralentissent elles aussi. Un système extérieur filtre moins bien en hiver, ce qui tombe plutôt bien puisque les poissons mangent beaucoup moins.

Trop de facteurs entrent en jeu pour avancer un chiffre honnête. En système domestique non chauffé, comptez la croissance en saisons plutôt qu’en semaines.

Ce comportement signale un manque d’oxygène dissous, ou une eau devenue irritante à cause d’un pic d’ammoniaque ou de nitrites. L’oxygène dissous doit rester au-dessus de 5 mg/L, et il se raréfie justement quand l’eau se réchauffe ou que la densité augmente.

Agissez dans l’ordre : ajoutez immédiatement de l’aération, suspendez le nourrissage, testez l’ammoniaque et les nitrites, ombrez le bac s’il reçoit le plein soleil. Si les tests sont bons, le problème est thermique et il faut refroidir ou brasser davantage.

Sans poissons, il ne s’agit plus d’aquaponie mais d’hydroponie, puisque plus personne ne fournit l’azote. Certains montages recourent à des matières organiques minéralisées, au prix d’un suivi bien plus délicat qu’un bac de poissons rouges.

Une voie intermédiaire existe : peu de poissons, peu nourris, et une surface de culture modeste. Le système reste équilibré, simplement moins productif.

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