La pouzzolane, issue des roches volcaniques, est un autre substrat très apprécié. Légère, poreuse et bon marché, elle offre une excellente surface d’échange pour les bactéries. Son gros défaut est qu’elle a tendance à se colmater très facilement et son nettoyage n’est pas du tout aisé.
Enfin, la fibre de coco représente une alternative plus écologique et organique. Facile à manipuler, elle retient bien l’eau et favorise le démarrage des semis. Toutefois, elle se dégrade rapidement et doit être remplacée régulièrement, ce qui en fait un complément intéressant mais rarement un substrat principal. Ces matériaux, doivent être choisis en fonction du budget, de l’espace et des cultures envisagées.
La sphaigne est parfois utilisée en aquaponie pour son excellente capacité à retenir l’eau, ce qui en fait un support intéressant pour les semis. Mais elle se colmate facilement, rendant la circulation de l’eau difficile. Son nettoyage étant compliqué, elle reste peu pratique à long terme. De plus, son importation depuis des régions lointaines soulève des questions écologiques, ce qui limite son intérêt comme substrat principal.