Au fil du temps, le substrat se charge de dépôts organiques, ce qui peut ralentir la circulation de l’eau, réduire l’oxygénation des racines et perturber la colonisation bactérienne. C’est pourquoi son entretien est essentiel pour préserver l’équilibre du système.
Parfois, cela nécessite un démontage complet, mais en général l'entretien repose surtout sur des gestes simples et réguliers. Il s’agit d’observer le flux d’eau, d’éviter que le substrat ne se compacte, de retirer les matières en excès et, si besoin, de procéder à un rinçage partiel à l’eau claire non chlorée. L’objectif n’est pas de rendre le substrat stérile, mais de limiter les colmatages tout en maintenant vivantes les précieuses colonies de bactéries nitrifiantes. Certains matériaux, comme la fibre de coco, finissent par se dégrader et doivent être remplacés régulièrement, tandis que d’autres, comme l’argile expansée ou la pouzzolane, peuvent durer des années à condition d’être nettoyés de temps en temps et réutilisés. La clé réside dans un équilibre délicat : intervenir suffisamment pour garder le substrat efficace, mais sans jamais bouleverser l’écosystème qui s’y est installé.
En pratique, on ne lave jamais tout le lit d’un coup. Mieux vaut procéder par zones, en prélevant une partie des billes dans un seau d’eau claire, en les brassant à la main pour décoller les dépôts, puis en les remettant en place. Le reste du lit conserve pendant ce temps ses colonies bactériennes intactes, et le système ne subit aucun à-coup. Une cloche de nettoyage permet par ailleurs d’aspirer les dépôts accumulés au fond sans avoir à vider quoi que ce soit.