En tête de liste, on trouve les légumes-racines et à bulbes (carottes, pommes de terre, oignons, betteraves, etc.). Dans un lit de culture constamment irrigué, les racines et tubercules risquent de se déformer, de pourrir ou de rester chétifs.
D’autres plantes à croissance lente ou au système racinaire trop volumineux sont également à éviter. Par exemple, les arbres fruitiers ou arbustes ne sont pas envisageables en aquaponie domestique du fait de leur taille et de leur longévité.
De même, les plantes aimant les sols arides ou très acides (certaines plantes de bruyère, cactus, etc.) ne s’épanouiront pas dans un environnement continuellement humide.