Une population de poissons trop faible entraîne une production de nutriments insuffisante, ce qui limite directement la fertilité du système. Une alimentation inadaptée des poissons est une autre cause fréquente : si leur nourriture manque de diversité ou de qualité, les déchets produits ne contiendront pas assez de certains éléments indispensables aux plantes.
Le pH de l’eau joue également un rôle déterminant. Lorsqu’il est trop élevé ou trop bas, certains nutriments, bien que présents, deviennent inassimilables pour les racines. C’est ce qu’on appelle un blocage nutritif : les plantes ne manquent pas réellement de nutriments, mais elles ne peuvent pas les absorber.
Enfin, des problèmes techniques, comme une mauvaise circulation de l’eau, une oxygénation insuffisante ou une filtration trop faible, peuvent accentuer ces déséquilibres et freiner la croissance des cultures.