På sommaren kan stigande vattentemperatur bli problematisk i akvaponin : över en viss tröskel, specifik för varje art, lider fiskarna och kan till och med dö om värmen kvarstår. Dessutom innehåller varmare vatten mindre löst syre, vilket förvärrar situationen ytterligare. Resultatet : fiskarna flämtar vid ytan, äter mindre och deras ämnesomsättning störs.
Redan vid utformningen av ditt akvaponisystem, tänk på att välja arter som är anpassade till det lokala klimatet och temperaturvariationer. Om det inte är möjligt, planera för ett värme- eller kylsystem för vattnet.
På sommaren, placera om möjligt din fisktank i skuggan (med hjälp av en presenning eller ett skuggduk) för att begränsa direkt solstrålning. Om temperaturen trots dessa försiktighetsåtgärder överstiger acceptabla gränser bör du överväga att flytta dina fiskar till ett svalare ställe.