Vänta tills testerna visar 0 mg/L ammoniak och nitrit, ett tecken på att det biologiska filtret gör sitt jobb, och några tiotal mg/L nitrat (ett ogiftigt näringsämne som förbrukas av växterna). Då kan du gradvis föra in dina fiskar i dammen (helst under en mild period på våren eller hösten, utan värmebölja eller frost).
Sätt i några fiskar åt gången, med några dagars mellanrum, för att inte överbelasta systemet på en gång. Plantera också gradvis din odlingslåda med lättodlade unga plantor (sallat, basilika, mynta med mera) så att de börjar ta upp nitrat.
Under de första veckorna bör du övervaka din anläggning varje dag: kontrollera att pumpen går kontinuerligt, att vattnet förblir klart, och mät pH och gifterna varannan till var tredje dag. Det pH som ska eftersträvas ligger mellan 6,4 och 7,5 för att passa både fiskar och växter, med ett KH (karbonathårdhet) på 6 till 12 °dH för att stabilisera det. När kvävecykeln är etablerad är ditt akvaponiska system officiellt «inkört»!