Pumeks, pochodzący ze skał wulkanicznych, to kolejne bardzo cenione podłoże. Lekki, porowaty i tani, oferuje doskonałą powierzchnię wymiany dla bakterii. Jego największą wadą jest tendencja do bardzo łatwego zatykania się, a jego czyszczenie jest wyjątkowo trudne.
Wreszcie włókno kokosowe stanowi bardziej ekologiczną i organiczną alternatywę. Łatwe w obsłudze, dobrze zatrzymuje wodę i sprzyja kiełkowaniu nasion. Jednak szybko się degraduje i wymaga regularnej wymiany, co czyni je interesującym uzupełnieniem, lecz rzadko głównym podłożem. Materiały te należy wybierać w zależności od budżetu, przestrzeni i planowanych upraw.
Torfowce (mchy torfowe) są czasem stosowane w akwaponice ze względu na doskonałą zdolność zatrzymywania wody, co czyni je interesującym nośnikiem dla sadzonek. Jednak łatwo się zatykają, utrudniając cyrkulację wody. Ze względu na trudne czyszczenie są mało praktyczne w dłuższej perspektywie. Ponadto ich import z odległych regionów budzi pytania ekologiczne, co ogranicza ich przydatność jako głównego podłoża.