Dit is een van de onderwerpen die beginners in aquaponie het meest verbaast. Een goed bevolkt bassin kan op het eerste gezicht indrukwekkend lijken, bijna te zwaar bezet. En toch is te veel de dichtheid willen verlagen een even problematische fout als ze te willen overschrijden.
In huishoudelijke aquaponie ligt de aanbevolen vork tussen 20 en 30 kg vissen per kubieke meter water. Dit is het bereik waarin het systeem evenwichtig functioneert, zonder overbelasting van de biologische filtratie, en zonder dat de vissen te krap zitten. Voor grotere installaties kan men oplopen tot een dichtheid van 35 tot 50 kg per kubieke meter met een goed gedimensioneerd systeem en versterkte beluchting. Daarboven is het technisch gezien mogelijk in bepaalde gevallen, maar dit vereist gevorderde beheersing en zeer regelmatig toezicht.
Wat velen niet weten, is dat een te weinig bevolkt bassin zijn eigen problemen creërt. De meeste soorten die in aquaponie worden gebruikt zijn sociale dieren, gewend in groep te leven, soms in school. Beneden een bepaalde dichtheidsgrens installeren zich territoriaal gedrag. Dominante individuen markeren hun ruimte, achtervolgen de zwakkere, veroorzaken letsels. En een letsel in een bassin is een ingang voor bacteriologische infecties en schimmelziekten. Een grotere groep verdunt deze dominantiefenomenen van nature : de agressiviteit verspreidt zich, geen enkel individu kan zijn territorialiteit op één ander concentreren, en de sociale hiërarchie vestigt zich op een meer diffuse en minder gewelddadige manier.
Het goede nieuws is dat de vissen zelf u signaleren wanneer de dichtheid te groot wordt. De signalen zijn aanvankelijk discreet : een lichte ongewone onrust, vissen die vaker aan het oppervlak komen, een minder uitgesproken voedselconsumptie, licht beschadigde vinnen. Het zijn zwakke signalen, maar ze komen ruim voor de situatie kritiek wordt. In aquaponie is het doel niet koste wat kost te produceren. Voor het systeem te laten functioneren, moet men produceren in goede omstandigheden.