In estate, l'aumento della temperatura dell'acqua può diventare problematico in acquaponica : oltre una certa soglia, propria a ciascuna specie, i pesci soffrono e possono anche morire se il caldo persiste. Inoltre, più l'acqua è calda, meno contiene ossigeno disciolto, il che aggrava ulteriormente la situazione. Risultato : i pesci ansimano in superficie, si alimentano meno e il loro metabolismo è perturbato.
Fin dalla progettazione del vostro sistema acquaponico, pensate a scegliere specie adatte al clima locale e alle variazioni di temperatura. In alternativa, prevedete un sistema di riscaldamento o raffreddamento dell'acqua.
In estate, collocate se possibile la vasca dei pesci all'ombra (grazie a un telone o una rete ombreggiante) per limitare l'irraggiamento diretto del sole. Se nonostante queste precauzioni la temperatura supera i limiti accettabili, sarebbe preferibile trasferire i pesci in un posto più fresco.