L'acquaponica permette di coltivare un ampio ventaglio di frutti, verdure, erbe e piante aromatiche, ma non bisogna credere che sia universalmente adatta a tutte le specie vegetali. Alcune piante si rivelano particolarmente mal adattate a questo tipo di ambiente a causa del loro bisogno di substrato specifico, della loro sensibilità all'umidità o della loro crescita inadatta ai sistemi acquaponici.
Le verdure a radice e a bulbo
In cima alla lista troviamo le verdure a radice e a bulbo come le carote, le patate, le cipolle, le rape, i ravanelli o le barbabietole. In un letto di coltivazione costantemente irrigato, le radici e i tuberi rischiano di deformarsi, marcire o restare stentati. Infatti, l'umidità costante non è favorevole al loro sviluppo, poiché impedisce l'aerazione naturale del suolo.
Gli alberi da frutto
Altre piante a crescita lenta, o con un sistema radicale invasivo, sono ugualmente da evitare. Gli alberi da frutto, gli arbusti o le piante di grande dimensione non sono praticabili in un sistema domestico in acquaponica, poiché il loro ancoraggio richiede un suolo profondo e stabile, spesso incompatibile con i substrati leggeri utilizzati come l'argilla espansa. La loro longevità e dimensione li rendono difficilmente gestibili in vasca o torre acquaponica.
Le piante con bisogni specifici di suolo
Alcune specie hanno bisogno di condizioni che l'acquaponica non può offrire loro. È il caso delle piante che preferiscono suoli secchi o acidi, come certe piante di erica (es. : mirtilli, rododendri, azalee), o ancora i cactus, che non prospereranno in un ambiente continuamente umido.