A la cabeza de la lista se encuentran las hortalizas de raíz y de bulbo (zanahorias, patatas, cebollas, remolachas, etc.). En un lecho de cultivo constantemente irrigado, las raíces y los tubérculos corren el riesgo de deformarse, pudrirse o quedar raquíticos.
Otras plantas de crecimiento lento o con un sistema radicular demasiado voluminoso también conviene evitarlas. Por ejemplo, los árboles frutales o arbustos no son viables en acuaponía doméstica debido a su tamaño y a su longevidad.
Del mismo modo, las plantas que prefieren suelos áridos o muy ácidos (algunas plantas de brezo, cactus, etc.) no prosperarán en un entorno continuamente húmedo.