La siembra no es lo que carga el biofiltro, sino la alimentación de los peces. Una oleada de trasplantes aumenta la demanda de nutrientes, y con ella la tentación de dar más comida; es ese incremento el que hay que escalonar. La norma de actuación es aumentar la ración en pequeños escalones y dejar pasar una semana completa de observación entre cada escalón, en lugar de seguir el calendario del semillero.
El control se basa en tres indicadores, no en uno solo. El amoniaco y los nitritos deben permanecer indetectables; cualquier rastro de nitritos indica que la población bacteriana aún no absorbe la carga que acaba de generarse. El oxígeno disuelto debe mantenerse por encima de 5 mg por litro, umbral que recogen las fichas de acuaponía a pequeña escala. El pH debe situarse en la franja en que las bacterias nitrificantes y las plantas coexisten mejor, en torno a 6,8-7,2, siendo aceptable el rango de 6,5 a 7,5.
Si aparecen nitritos, la respuesta nunca es añadir plantas ni limpiar el biofiltro. Se reduce la ración, a veces hasta suspenderla uno o dos días, se aumenta la aireación y se espera a que la medición vuelva a cero antes de retomar la progresión.