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Une pompe se choisit sur deux chiffres : le débit et la hauteur de refoulement. Le débit annoncé est mesuré sans dénivelé ; il baisse à mesure que l'eau doit monter, jusqu'à devenir nul à la hauteur maximale. En aquaponie, la fiche de la pompe Newa Jet conseille de faire passer au moins une fois par heure tout le volume du bassin à poissons, en tenant compte de cette hauteur. Pour un bassin de 1 000 L dont l'eau monte de 1 m, il faut donc un modèle qui débite encore 1 000 L/h à 1 m, et non 1 000 L/h annoncés.
La gamme va de 170 L/h, pour un petit bac, à 16 000 L/h, pour un grand bassin. Les pompes immergées réglables, comme l'EHEIM compactON, de 170 à 12 000 L/h selon le modèle, ajustent le débit sans changer d'appareil. Sur un site sans prise, une pompe solaire avec batterie de 300 L/h alimente une table à marée. Pour situer la pompe dans l'ensemble du circuit, voyez l'article Créer son système aquaponique.
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