Im Sommer können steigende Wassertemperaturen in der Aquaponik problematisch werden : Ab einem bestimmten, artspezifischen Schwellenwert leiden die Fische und können bei anhaltender Hitze sogar sterben. Zudem ist der Sauerstoffgehalt des Wassers umso geringer, je wärmer es ist, was die Situation zusätzlich verschärft. Die Fische schnappen daraufhin nach Luft, fressen weniger und ihr Stoffwechsel gerät aus dem Gleichgewicht.
Achten Sie bei der Planung Ihres Aquaponik-Systems auf die Auswahl von Pflanzenarten, die an das lokale Klima und die Temperaturschwankungen angepasst sind. Alternativ können Sie auch ein Wasserheiz-oder-kühlsystem in Betracht ziehen.
Stellen Sie Ihr Aquarium im Sommer möglichst in den Schatten (mit einer Plane oder einem Sonnendach), um direkte Sonneneinstrahlung zu vermeiden. Sollte die Temperatur trotz dieser Vorsichtsmaßnahmen die zulässigen Grenzen überschreiten, sollten Sie Ihre Fische an einen kühleren Ort bringen.