La surveillance de la qualité de l'eau est capitale en aquaponie. Pour la carpe koï, les seuils de sécurité sont :
- Ammoniac (NH₃) : 0 mg/L. Tout pic est une alerte due à une suralimentation ou un cycle bactérien instable.
- Nitrites (NO₂⁻) : 0 mg/L. Toxiques même à faible dose, leur présence indique un biofiltre sous-dimensionné.
- Nitrates (NO₃⁻) : Doivent rester bas. Un taux élevé révèle un déséquilibre avec la capacité d'absorption des plantes.
- pH : 6,5 à 7,5. La koï craint les variations brusques. Attention à la pluie qui acidifie l'eau des bassins.
- Oxygène dissous : min. 6 mg/L. Une pompe et une aération (diffuseur) en continu sont indispensables.
- Température : 15 à 25°C. Hors de cette plage, le métabolisme et la nitrification bactérienne sont perturbés.