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Zowel in hydroponie als in aquaponie houdt het substraat de plant vast, en is het het water dat haar voedt. Geëxpandeerde kleikorrels zijn het standaardmedium voor aquaponische kweekbedden: de zak kleikorrels van 50 L in de korrelmaat 8 tot 20 mm, de gangbare maat voor een kweekbed, wordt aangebracht tot een diepte van ongeveer 30 cm. Een bed van 1 m² vraagt dus 300 L, oftewel zes zakken. Spoel de korrels tot het water helder wegloopt, en controleer hun pH: die van 6 L meten 8,5 in water, hoger dan aquaponisch water.
Kokosvezel houdt meer water vast, 40 tot 65 % afhankelijk van het geperste formaat, met een pH van 5,5 tot 6,5; u voedt ze met een meststof die voor dit substraat is samengesteld. Perliet maakt een mengsel lichter en luchtiger, vermiculiet houdt zaaisel vochtig door 430 tot 470 ml water per liter vast te houden. Om zaden te starten, zwellen turfpluggen in 3 tot 5 minuten op en passen ze in netpotten van 32 mm. De gids Welk substraat kiest u in aquaponie? vergelijkt deze materialen.
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