In de loop van de tijd laadt het substraat zich met organische afzettingen, wat de wateromloop kan vertragen, de wortelbeluchting vermindert en de bacteriekolonisatie verstoort. Daarom is het onderhoud ervan essentieel om het systeemevenwicht te bewaren.
Soms vereist dit een volledige demontage, maar over het algemeen berust het onderhoud vooral op eenvoudige en regelmatige handelingen. Het gaat erom de waterstroming te observeren, te vermijden dat het substraat samenklontert, overtollig materiaal te verwijderen en, indien nodig, een gedeeltelijke spoeling met helder, niet-gechlooreerd water uit te voeren. Het doel is niet het substraat steriel te maken, maar verstopping te beperken terwijl de kostbare nitrificerende bacteriekolonies in leven blijven. Bepaalde materialen, zoals kokosvezel, breken uiteindelijk af en moeten regelmatig worden vervangen, terwijl andere, zoals kleikorrels of puimsteen, jarenlang mee kunnen op voorwaarde dat ze van tijd tot tijd worden gereinigd en hergebruikt. De sleutel ligt in een delicaat evenwicht : voldoende ingrijpen om het substraat efficiënt te houden, maar nooit het ecosysteem dat er zich in heeft gevestigd verstoren.