In de zomer kan de stijging van de watertemperatuur problematisch worden in aquaponie : boven een bepaalde drempel, eigen aan elke soort, lijden de vissen en kunnen ze zelfs sterven als de hitte aanhoudt. Bovendien bevat warm water minder opgeloste zuurstof, wat de situatie nog verergert. Gevolg : vissen happen naar lucht aan de oppervlakte, eten minder en hun metabolisme raakt verstoord.
Kies al bij de opzet van uw aquaponisch systeem voor soorten die aangepast zijn aan het lokale klimaat en temperatuurschommelingen. Voorzien anders een verwarmings- of koelingssysteem voor het water.
In de zomer plaatst u het visbassin indien mogelijk in de schaduw (met een zeildoek of schaduwdoek) om directe zonnestraling te beperken. Als de temperatuur ondanks deze voorzorgsmaatregelen de aanvaardbare grenzen overschrijdt, is het beter uw vissen naar een koelere plek over te brengen.