De bewaking van de waterkwaliteit is essentieel in aquaponie. Voor de koikarper zijn de veiligheidsdrempels :
- Ammoniak (NH₃) : 0 mg/L. Elke piek is een alarm door overvoeding of een instabiele bacteriëcyclus.
- Nitriet (NO₂⁻) : 0 mg/L. Giftig zelfs bij lage dosis ; hun aanwezigheid wijst op een ondergedimensioneerd biofilter.
- Nitraat (NO₃⁻) : Moet laag blijven. Een hoge waarde onthult een onevenwicht met de absorptiecapaciteit van de planten.
- pH : 6,5 tot 7,5. De koi vreest plotse schommelingen. Let op regen die het water van de vijvers verzuurt.
- Opgelost zuurstof : min. 6 mg/L. Een pomp en continue beluchting (diffusor) zijn onmisbaar.
- Temperatuur : 15 tot 25°C. Buiten dit bereik worden het metabolisme en de bacteriënitrificatie verstoord.