Een van de grote troeven van buitenaquaponie is de verscheidenheid aan mogelijke teelten. In een kit geeft men de voorkeur aan gemakkelijk te kweken planten met een korte cyclus, zoals sla, kruiden of kerstomaten. Maar het is ook mogelijk er aardbeien te laten groeien, die bijzonder goed gedijen in dit type systeem.
In een aquaponische kas worden de mogelijkheden ruimer : men kan er veeleisendere groenten kweken zoals aubergines, meloenen, komkommers of grote tomaten.
Wat de vissen betreft, hangt de keuze af van het klimaat en het beschikbare volume. Gewone karper, (regenboog)forel, baars, snoekbaars of zelfs meerval kunnen in aquaponie worden gekweekt, wat een ruim aanbod aan opties biedt.