Dit nitrificatieproces in het aquaponisch systeem wordt verzorgd door nitrificerende bacterieën die van nature in het water aanwezig zijn. In aquaponie worden hoofdzakelijk twee nuttige bacteriegenera onderscheiden : Nitrosomonas en Nitrobacter.
Nitrosomonas oxideren ammoniak en ammonium tot nitrieten, terwijl Nitrobacter de nitrieten omzetten in nitraten. Ze koloniseren het substraat (kweekbedmedia, bioballetjes, puimsteen…) en behandelen continu het water dat erdoorheen stroomt.
Het is belangrijk te begrijpen dat nitrificerende bacterieën gunstige omstandigheden nodig hebben om te gedijen : opgeloste zuurstof (omdat ze via oxidatie werken), een passende pH (rond neutraal) en tijd om zich te vestigen.