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Il cestello di coltivazione, detto anche net pot, tiene in posizione la zolla e lascia passare le radici verso l'acqua. Il diametro si sceglie in base ai fori del sistema: 5 cm per le canaline NFT e la maggior parte delle torri, da 8 a 14 cm per le piante più grandi e le zattere galleggianti. Le confezioni da 50 cestelli costano meno al pezzo quando si attrezza un intero sistema.
Per pomodori, peperoni e cetrioli, il secchio olandese e il vaso in tessuto offrono un volume di substrato molto maggiore, e le vasche di coltivazione acquaponica da 45 a 80 litri accolgono un letto di argilla espansa. L'articolo Vasi di coltivazione in acquaponica aiuta a scegliere il formato giusto.















