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In idroponica come in acquaponica il substrato sostiene la pianta, ed è l'acqua a nutrirla. L'argilla espansa è il supporto di riferimento dei letti acquaponici: il sacco di argilla espansa da 50 L in calibro 8-20 mm, il calibro usuale di un letto di coltivazione, si dispone su circa 30 cm di profondità. Un letto di 1 m² richiede quindi 300 L, cioè sei sacchi. Le sfere si sciacquano finché l'acqua non esce limpida, e il loro pH va controllato: quelle da 6 L misurano 8,5 in acqua, al di sopra di un'acqua acquaponica.
La fibra di cocco trattiene più acqua, dal 40 al 65 % a seconda del formato compresso, con un pH da 5,5 a 6,5; va nutrita con un fertilizzante formulato per questo substrato. La perlite alleggerisce e aera un miscuglio, la vermiculite mantiene umida una semina trattenendo da 430 a 470 ml d'acqua per litro. Per avviare i semi, i pod di torba si gonfiano in 3-5 minuti e si inseriscono nei cestelli da 32 mm. La guida Quale substrato scegliere in acquaponica? mette a confronto questi materiali.
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