Attendete che i test indichino 0 mg/L di ammoniaca e di nitriti, segno che il filtro biologico sta funzionando, e qualche decina di mg/L di nitrati (nutriente non tossico, consumato dalle piante). Potrete allora inserire gradualmente i pesci nella vasca (di preferenza in un periodo mite della primavera o dell'autunno, al di fuori di ondate di caldo o di gelo).
Introducete pochi pesci alla volta, distanziando l'inserimento su più giorni, per non saturare il sistema in un colpo solo. Allo stesso modo, piantate gradualmente la vasca di coltivazione con giovani piantine facili (lattughe, basilico, menta, ecc.) in modo che comincino ad assorbire i nitrati.
Durante queste prime settimane, controllate ogni giorno il vostro impianto: verificate che la pompa funzioni in continuo, che l'acqua resti limpida, misurate il pH e le sostanze tossiche ogni due o tre giorni. Il pH da raggiungere è compreso tra 6,4 e 7,5, adatto sia ai pesci sia alle piante, con un KH (durezza carbonatica) da 6 a 12 °dH per stabilizzarlo. Una volta stabilito il ciclo dell'azoto, il vostro sistema acquaponico è ufficialmente «ciclato»!