Mit der Zeit lagern sich im Substrat organische Ablagerungen ab, die die Wasserzirkulation verlangsamen, die Sauerstoffversorgung der Wurzeln verringern und die Bakterienbesiedlung stören können. Daher ist die Pflege des Substrats unerlässlich, um das Gleichgewicht des Systems aufrechtzuerhalten.
Manchmal ist hierfür eine vollständige Demontage erforderlich, aber im Allgemeinen basiert die Wartung meist auf einfachen, regelmäßigen Maßnahmen. Dazu gehört die Beobachtung des Wasserflusses, die Vermeidung einer Verdichtung des Substrats, die Entfernung überschüssigen Materials und gegebenenfalls das teilweise Spülen mit sauberem, chlorfreiem Wasser. Ziel ist nicht, das Substrat steril zu machen, sondern Verstopfungen zu vermeiden und gleichzeitig die wertvollen nitrifizierenden Bakterienkolonien am Leben zu erhalten. Einige Materialien, wie z. B. Kokosfasern, zersetzen sich mit der Zeit und müssen regelmäßig ersetzt werden, während andere, wie z. B. Blähton oder Puzzolan, jahrelang halten können, sofern sie von Zeit zu Zeit gereinigt und wiederverwendet werden. Der Schlüssel liegt in einem empfindlichen Gleichgewicht : ausreichende Eingriffe, um die Wirksamkeit des Substrats zu erhalten, ohne jedoch das dort angesiedelte Ökosystem zu stören.