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L'engrais ne se choisit pas de la même façon en aquaponie et en hydroponie. En aquaponie, les poissons apportent l'azote et le phosphore ; il reste à compléter ce que leur aliment fournit peu, comme le potassium, le calcium et le fer. C'est le principe de l'Aquaponic Mix, NPK 0-0-4, dosé à 0,5 ml pour 10 L chaque jour. Le fer chélaté se choisit selon le pH de l'eau : le DTPA 11 % agit de pH 4 à 7,5 sans colorer l'eau, l'EDDHA 6 % tient jusqu'à pH 9 mais teinte l'eau en rouge, l'EDTA 13 % ne dépasse pas pH 6,5. Le DTPA se dose à 18 g pour 1 000 L pour viser 2 ppm de fer.
En hydroponie, la solution apporte tout. Les engrais en deux ou trois parties, comme la gamme TriPart, séparent croissance, floraison et oligo-éléments ; en pleine croissance, le TriPart Grow se dose à 1,8 ml par litre, avec un pH de 5,5 à 6,5 dans le réservoir. Les formules pour fibre de coco, les biostimulants bio et les kits pour débuter complètent la gamme. Pour reconnaître un manque, l'article Carences des plantes en aquaponie décrit les symptômes.
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