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L'oxygène dissous conditionne la santé des poissons et l'activité des bactéries du filtre. Une pompe à air se choisit sur son débit, mais aussi sur sa pression : c'est elle qui fixe la profondeur à laquelle l'air sort encore, un millibar valant environ un centimètre d'eau. L'aérateur EHEIM AIR 1000 pousse ainsi 1 000 L d'air par heure jusqu'à 2,8 m de profondeur, pour 8,5 W.
En aquarium, les pompes JBL ProAir vont de 60 L/h, pour un bac de 40 à 120 L, à 600 L/h, pour 200 à 800 L. En bassin, les kits réunissent la pompe, le tuyau et les diffuseurs, pierres poreuses, disques ou tuyaux microporeux qui fractionnent l'air. Deux équipements couvrent les coupures de courant : la pompe de secours Amtra, qui démarre seule à la coupure et tient jusqu'à 20 h sur batterie, et l'oxygénateur Söchting Oxydator, qui fonctionne sans électricité. Un clapet anti-retour protège une pompe posée plus bas que l'eau. L'eau chaude retenant moins d'oxygène, l'article Entretenir son système aquaponique en été détaille les précautions de saison.








