Aquaponie maakt het kweken van een breed scala aan groenten, fruit, kruiden en aromatische planten mogelijk, maar dat betekent niet dat het universeel geschikt is voor alle plantensoorten. Bepaalde planten zijn bijzonder slecht aangepast aan dit type omgeving vanwege hun behoefte aan specifiek substraat, hun gevoeligheid voor vochtigheid, of hun groei die niet past bij aquaponische systemen.
Wortelgroenten en bolgewassen
Bovenaan de lijst staan wortelgroenten en bolgewassen zoals wortelen, aardappelen, uien, rapen, radijsjes en bieten. In een voortdurend bevloeid kweekbed lopen wortels en knollen het risico te vervormen, te rotten of zwak te blijven. De constante vochtigheid is immers niet gunstig voor hun ontwikkeling, omdat ze de natuurlijke beluchting van de bodem verhindert.
Fruitbomen
Andere planten met trage groei of een invasief wortelstelsel zijn eveneens te vermijden. Fruitbomen, struiken of grootschalige planten zijn niet realistisch in een thuisaquaponiesysteem, omdat hun verankering diepe en stabiele grond vereist, vaak onverenigbaar met de lichte substraten zoals klei-expansékorrels. Hun levensduur en omvang maken ze moeilijk beheersbaar in een bak of aquaponische toren.
Planten met specifieke bodembehoefte
Bepaalde soorten hebben behoefte aan omstandigheden die aquaponie hen niet kan bieden. Dat geldt voor planten die droge of zure grond prefereren, zoals bepaalde heideplanten (bv. bosbessen, rododendrons, azalea's), of ook cactussen, die niet gedijen in een voortdurend vochtige omgeving.