Het is het voeren van de vissen dat de biofilter belast, niet het inplanten. Een golf van verspenen vergroot de vraag naar voedingsstoffen en daarmee de verleiding om meer te voeren — en precies die stijging moet geleidelijk verlopen. De basisregel is: verhoog de voerportie in kleine stappen en laat telkens een volledige observatieweek voorbijgaan tussen twee stappen, in plaats van het zaailingenschema te volgen.
De controle gebeurt op drie indicatoren, niet op één. Ammoniak en nitriet moeten ondetecteerbaar blijven; een spoor nitriet betekent dat de bacteriepopulatie de nieuw gecreëerde belasting nog niet verwerkt. Het opgeloste zuurstofgehalte moet boven 5 mg per liter blijven, de drempel die gehanteerd wordt in fiches voor kleinschalige aquaponie. De pH moet zich handhaven in het venster waar nitrificerende bacteriën en planten het beste samenleven, ongeveer 6,8 tot 7,2, waarbij de bandbreedte 6,5 tot 7,5 aanvaardbaar blijft.
Als nitriet verschijnt, is het antwoord nooit om extra planten toe te voegen of de biofilter schoon te maken. U verlaagt de portie, soms tot u één of twee dagen volledig stopt, u verhoogt de beluchting, en u wacht tot de meting terug op nul staat voordat u de opbouw hervat.