Aquaponie maakt het mogelijk een breed scala aan fruit, groenten, kruiden en aromatische planten te kweken, maar dat betekent niet dat het voor alle plantensoorten geschikt is. Sommige planten zijn om uiteenlopende redenen slecht aangepast aan dit type omgeving: ze stellen specifieke eisen aan het substraat, zijn gevoelig voor vocht, of groeien op een manier die niet verenigbaar is met aquaponische systemen.
Knol- en bolgewassen
Bovenaan de lijst staan knol- en bolgewassen zoals wortelen, aardappelen, uien, rapen, radijsjes en bieten. In een teeltbed dat voortdurend van water wordt voorzien, lopen wortels en knollen het risico te vervormen, te verrotten of onderontwikkeld te blijven. De constante vochtigheid is namelijk ongunstig voor hun ontwikkeling, omdat ze de natuurlijke beluchting van de bodem belemmert.
Fruitbomen
Ook planten met een trage groei of een invasief wortelstelsel worden beter vermeden. Fruitbomen, struiken en grootschalige planten zijn niet geschikt voor een aquaponisch systeem thuis, omdat hun verankering een diepe en stabiele bodem vereist die vaak onverenigbaar is met de lichte substraten zoals uitgebreid kleikorrels. Hun levensduur en omvang maken ze moeilijk beheersbaar in een bak of aquaponische toren.
Planten met specifieke bodemeisen
Bepaalde soorten hebben omstandigheden nodig die aquaponie niet kan bieden. Dat geldt voor planten die de voorkeur geven aan droge of zure bodems, zoals bepaalde heideplanten (bijv. bosbessen, rododendrons, azalea's), en voor cactussen, die niet gedijen in een permanent vochtige omgeving.