Molti ortaggi da frutto, le piante coltivate per i loro frutti, possono essere prodotti anche in acquaponica, anche se richiedono un po' più di attenzione. Le solanacee costituiscono il gruppo principale: pomodori, peperoni, peperoncini e melanzane.
Il pomodoro è il più coltivato di tutti. Le varietà ciliegino e i calibri piccoli si gestiscono più facilmente rispetto ai pomodori grandi da riempire, perché maturano più in fretta e tollerano meglio un leggero deficit di nutrienti. È necessario prevedere un tutoraggio solido, un letto a substrato piuttosto che una zattera, e sufficiente spazio, poiché l'apparato radicale è voluminoso.
I peperoni e i peperoncini richiedono calore e tempo. Sono ottimi candidati in serra o in ambienti interni ben illuminati, dove possono persino svernare e riprendere a vegetare l'anno successivo. I peperoncini, più compatti, si adattano bene ai piccoli volumi.
La melanzana è la più esigente del gruppo, sia in termini di calore che di nutrienti. Dà ottimi risultati in serra, su un letto a substrato profondo, ma rimane una scommessa in un sistema giovane o con pochi pesci. A questi si possono aggiungere il cetriolo e la zucchina, molto produttivi ma esigenti e ingombranti.
Il denominatore comune di queste colture è il fabbisogno nutritivo, nettamente superiore a quello delle insalate o delle erbe aromatiche. Assicurarsi che la popolazione di pesci produca abbastanza scarti per alimentarle, e monitorare le carenze classiche di potassio, calcio e ferro, che si manifestano spesso al momento della fruttificazione.
Due accorgimenti fanno una grande differenza. Il primo è l'impollinazione: in ambienti interni, senza insetti né vento, una semplice scossa quotidiana degli steli in fiore, oppure il passaggio di un pennellino, migliora notevolmente l'allegagione. Il secondo è la potatura: eliminare i getti laterali e limitare il numero di grappoli concentra i nutrienti disponibili su ciò che conta davvero.