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La cesta de cultivo, también llamada net pot, sujeta el cepellón y deja pasar las raíces hacia el agua. Su diámetro se elige según el de los orificios del sistema: 5 cm para los canales NFT y la mayoría de las torres, de 8 a 14 cm para las plantas más grandes y las balsas flotantes. Los lotes de 50 cestas salen más baratos por unidad cuando se equipa un sistema completo.
Para tomates, pimientos y pepinos, el cubo holandés y la maceta textil ofrecen un volumen de sustrato mucho mayor, y las bandejas de cultivo acuapónico de 45 a 80 litros se rellenan con un lecho de bolas de arcilla. El artículo Macetas de cultivo en acuaponía ayuda a elegir el formato adecuado.















