El tilapia es la especie emblemática de la acuaponía tropical. Fácil de criar, poco exigente en oxígeno y muy resistente a las variaciones de calidad del agua, prospera entre 22 y 30 °C. Su rápido crecimiento y su fácil reproducción lo convierten en una opción estratégica para la producción a gran escala. Es además omnívoro, lo que simplifica considerablemente la alimentación, ya que acepta gránulos mayoritariamente vegetales, menos costosos que las fórmulas carnívoras.
El pez gato africano, o clarias, tolera condiciones difíciles, incluidas aguas pobres en oxígeno, gracias a un órgano respiratorio accesorio que le permite tomar aire en la superficie. Es carnívoro y crece rápidamente, lo que lo convierte en una especie interesante para los sistemas bien equilibrados. Requiere, no obstante, un estanque con tapa sólida, pues escapa con facilidad.
La perca del Nilo, de mayor tamaño, está adaptada a grandes estanques. Ofrece una carne muy apreciada, pero exige una buena gestión del agua y una alimentación específica, lo que en la práctica la reserva a instalaciones profesionales.
Una advertencia, sin embargo. En nuestras latitudes, estas especies obligan a calentar el agua durante gran parte del año, con el consiguiente consumo energético, y están sujetas a un marco normativo particular al tratarse de especies exóticas, que deben mantenerse en circuito cerrado sin ningún vertido al medio natural. Por lo tanto, se justifican sobre todo en interior, en volúmenes pequeños bien aislados, o en un invernadero climatizado. Para un proyecto exterior, las especies de nuestros ríos siguen siendo bastante más sencillas de manejar y mucho menos costosas en el día a día.