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Tanto en hidroponía como en acuaponía, el sustrato sujeta la planta y es el agua la que la nutre. Las bolas de arcilla expandida son el soporte de referencia de los lechos acuapónicos: el saco de bolas de arcilla de 50 L de calibre 8 a 20 mm, el calibre habitual de un lecho de cultivo, se coloca con unos 30 cm de profundidad. Un lecho de 1 m² requiere, por tanto, 300 L, es decir, seis sacos. Las bolas se aclaran hasta que el agua salga limpia, y su pH se controla: las de 6 L dan 8,5 en el agua, por encima de un agua de acuaponía.
La fibra de coco retiene más agua, del 40 al 65 % según el formato comprimido, con un pH de 5,5 a 6,5; se nutre con un fertilizante formulado para este sustrato. La perlita aligera y airea una mezcla, y la vermiculita mantiene húmedo un semillero al retener de 430 a 470 ml de agua por litro. Para iniciar las semillas, los pods de turba se hinchan en 3 a 5 minutos y se encajan en las cestas de 32 mm. La guía ¿Qué sustrato elegir en acuaponía? compara estos materiales.
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